涵蓋文本、定位和分割任務，智源、港中文聯合提出首個多功能3D醫學多模態大模型
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- 2024-06-22 07:16:49599瀏覽
作者| 香港中文大學白帆
編輯| ScienceAI
近日，香港中文大學和智源聯合提出的M3D 系列工作，包括M3D-Data, M3D-LaMed 和M3D-Bench，從資料集、模型和測評全方面推動3D 醫學影像分析的發展。
（1）M3D-Data 是目前最大的3D 醫學影像資料集，包括M3D-Cap (120K 3D 圖文對), M3D-VQA (510K 問答對)，M3D-Seg（150K 3D Mask），M3D- RefSeg (3K 推理分割)共四個子資料集。
（2）M3D-LaMed 是目前最多功能的3D 醫學多模態大模型，能夠解決文字（疾病診斷、影像檢索、視覺問答、報告生成等），定位（目標檢測、視覺定位等）和分割（語意分割、指稱分割、推理分割等）三類醫學分析任務。
（3）M3D-Bench 能夠全面和自動評估 8 種任務，涵蓋文本、定位和分割三個方面，並提供人工校驗後的測試數據。
我們最早在 2024 年 4 月發布了資料集、模型和程式碼。
近期，我們提供了更小和更強的 M3D-LaMed-Phi-3-4B 模型，並增加了線上 demo 供大家體驗！
最新進展請關注 GitHub 庫的更新 ，如果有任何疑問和建議可以及時聯繫，歡迎大家討論和支持我們的工作。
- 論文連結：https://arxiv.org/abs/2404.00578
- 程式碼：https://github.com/BAAI-DCAI/M3D huggingface.co/GoodBaiBai88/M3D-LaMed-Phi-3-4B
- 資料集：https://github.com/BAAI-DCAI/M3D?tab=readme-ov-file#data
- 線上Demo：https://baai.rpailab.xyz/
- 我們能為醫學影像相關研究者提供什麼？
M3D-Data, 最大的3D 醫學多模態資料集；
M3D-Seg，整合了幾乎所有開源3D 醫學分割資料集，共計25 個；- M3D-LaMed, 支援文字、定位和分割的最多功能的3D 醫學多模態大模型，提供了簡潔清晰的程式碼框架，研究者可以輕易魔改每個模組的設定；
- M3D-CLIP，基於M3D-Cap 3D 圖文對，我們訓練了一個圖文對比學習的M3D-CLIP 模型，共提供其中的視覺預訓練權重3DViT；
- M3D-Bench，全面和清晰的測評方案和代碼。
- 本文所涉及的所有資源全部開放，希望能幫助研究者共同推動 3D 醫學影像分析的發展。
線上Demo影片。
本文旨在利用 MLLM 推進 3D 醫學影像分析。為此，我們提出了一個大規模3D 多模態醫學資料集M3D-Data，其中包含120K 個圖像-文字對和662K 個指令-響應對，專門針對各種3D 醫學任務量身定制，例如圖文檢索、報告產生、視覺問答、定位和分割。
此外，我們提出了 M3D-LaMed，這是一種用於 3D 醫學影像分析的多功能多模態大語言模型。
我們還引入了一個新的 3D 多模態醫學基準 M3D-Bench，它有助於在八個任務中進行自動評估。透過綜合評估，我們的方法被證明是一種穩健的 3D 醫學影像分析模型，其表現優於現有解決方案。所有程式碼、資料和模型均可在以下網址公開取得。
資料集M3D-Data 共包含4個子資料集，分別為M3D-Cap（圖文對）, M3D-VQA（視覺問答對）, M3D-RefSeg（推理分割）和M3D-Seg整合25 個3D 分割資料集）。 資料集統計情況。 M3D-VQA 資料集分佈。其中問題類型主要包括平面、期相、器官、異常和定位五類常見的3D影像問題。 我們整合了幾乎所有開源的 3D 醫學分割資料集，組成了 M3D-Seg，共 25 個。資料集可以用來做語意分割、推理分割、指稱分割和對應的偵測定位任務。 M3D-Seg。 模型 M3D-LaMed 模型結構如下圖所示。 （a）3D 影像編碼器透過跨模態對比學習損失由圖文資料進行預訓練，可直接應用於圖文檢索任務。 （b）在M3D-LaMed 模型中，3D 醫學影像被輸入到預先訓練的3D 影像編碼器和高效的3D 空間池化感知器中，並將視覺token 插入LLM，輸出的[SEG] 作為prompt 驅動分割模組。 M3D-LaMed 模型結構。 實驗 圖文檢索 在3D 圖文檢索中，模型旨在根據相似性從數據集中匹配圖像和文本，通常涉及兩個任務：文本到圖像檢索(TR) 和圖像到文字檢索(IR)。 由於缺乏合適的方法，我們將 2D 醫學的代表模型 PMC-CLIP 應用於 3D 圖文檢索中，我們發現由於缺乏空間信息，幾乎無法和 3D 圖文檢索模型對比。 報告產生 在報告生成中，該模型根據從 3D 醫學影像中提取的資訊產生文字報告。 封閉式視覺問答 在封閉式視覺問答中，需要為模型提供封閉的答案，例如A,B,C,D，要求模型從候選中選出正確答案。 我們發現在醫學領域 M3D-LaMed 超過通用的 GPT-4V。 開放式視覺問答 在開放式視覺問答中，模型產生開放式的答案，不存在任何答案提示和候選。 我們發現在醫學領域 M3D-LaMed 超過通用的 GPT-4V。不過需注意目前GPT-4V 限制了醫療相關問題的答案。 定位 定位在視覺語言任務中至關重要，尤其是涉及輸入和輸出框的任務。在輸出框的任務，如指代表達理解 (REC) ，旨在根據指代表達在影像中定位目標物。相較之下，在輸入框的任務，如指代表達生成 (REG) ，要求模型根據影像和位置框生成特定區域的描述。 分割 分割任務在 3D 醫學影像分析中至關重要，因為它具有識別和定位功能。為了解決各種文字提示，分割分為語意分割和指代表達分割。對於語義分割，該模型根據語義標籤產生分割遮罩。指代表達分割需要根據自然語言表達描述進行目標分割，需要模型具有一定的理解和推理的能力。 分佈外 (OOD) 問題的案例研究 我們在 OOD 對話中測試了 M3D-LaMed 模型，這意味著所有問題都與我們的訓練資料不相關。我們發現 M3D-LaMed 具有很強的泛化能力，可以對 OOD 問題產生合理的答案，而不是胡言亂語。在每組對話中，左側的頭像和問題來自用戶，右側的頭像和答案來自 M3D-LaMed。 模型具有很強的推理能力和泛化能力。 我們最新訓練的更小的 M3D-LaMed-Phi-3-4B 模型具有更好的表現，歡迎大家使用！ GoodBaiBai88/M3D-LaMed-Phi-3-4B · Hugging Face 報告產生測評結果 測 我們的方法為 MLLM 理解 3D 醫學場景的視覺和語言奠定了堅實的基礎。我們的數據、程式碼和模型將促進未來研究中對 3D 醫學 MLLM 的進一步探索和應用。希望我們的工作能為領域研究者帶來幫助，歡迎大家來使用和討論。 
我們M3D 系列研究促進了使用MLLM 進行3D 醫學影像分析。具體來說，我們建立了一個大規模 3D 多模態醫學資料集 M3D-Data，其中包含 120K 3D 影像文字對和 662K 指令響應對，專為 3D 醫學任務量身定制。此外，我們提出了 M3D-LaMed，這是一個通用模型，可處理圖像文字檢索、報告生成、視覺問答、定位和分割。此外，我們引入了一個綜合基準 M3D-Bench，它是為八個任務精心設計的。
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