《奥特曼格斗进化3》有四个隐藏关卡：1.“怪兽标本”需达达单杀初代；2.“影之继承者”需迪迦在“再见了奥特曼”获b级+；3.“死斗！戴拿vs戴拿”需戴拿先通关“奥特警备队西行”，再在“二大怪兽袭击东京”达成s级；4.“来自宇宙的圆盘生物！”需雷欧以全a级通关十大据点。
《奥特曼格斗进化3》中真正意义上的隐藏关卡并非菜单直接可见，而是需严格满足特定角色、顺序、评级与操作组合才能解锁，漏掉任一条件就无法进入对应关卡。
隐藏关卡列表与触发方式
方法一：“怪兽标本”关卡
需使用达达在剧情模式中击败初代奥特曼——注意必须是达达单人完成击杀，中途不可切换角色、不可捕捉其他怪兽；达成后该关卡自动解锁，且通关后可获得雷德王、巴克西姆等隐藏怪兽。
方法二：“影之继承者”关卡
在剧情模式中以迪迦奥特曼完成“再见了奥特曼”关卡并取得B级或以上评价后，后续章节中随机出现该关卡入口；若未达B级，即使反复重打也不会触发。
方法三：“死斗！戴拿VS戴拿”关卡
需先用戴拿奥特曼通关“奥特警备队西行”，再以戴拿在“二大怪兽袭击东京”中达成S级评价（剩余时间≥1分钟、血量≥50%），之后该关卡才会出现在剧情模式末段分支节点。
方法四：“来自宇宙的圆盘生物！”关卡
【必须使用雷欧奥特曼通关全部十大据点任务】，且每场战斗评级均不低于A级；缺一场A级或使用其他奥特曼通关任一据点，此关将永久锁定。
特殊任务触发条件详解
第一步：触发“群众助威”事件（仅限“死斗！戴拿VS戴拿”）
战斗开始后30秒内，将邪恶戴拿引至地图最右侧电网区域，待其被电击麻痹时立即靠近→按X+R1发动骑乘攻击→保持压制状态持续5秒，屏幕右上角出现“市民呐喊”图标即为成功。
第二步：触发“地之鲨鱼登场”（仅限“影之继承者”）
战斗中需先将黑暗迪迦HP压至60%以下→等待其能量灯连续闪烁三次→此时立刻将自身HP降至40%～50%区间（可用自伤技能或硬吃两记重击），地之鲨鱼会在10秒内从地面破土而出。
第三步：触发“MAT援护攻击”（仅限“二大怪兽袭击东京”）
必须将双尾怪引至东京铁塔正下方圆形标记区（地面有浅蓝色光晕），停留满3秒后MAT战机自动升空投弹；若提前离开或停留不足，援护不会启动，斯派修姆光线终结将无法达成S级。
第四步：触发“莱顿R30命中”（仅限“奥特警备队西行”）
金古桥释放油轮攻击后，赛文需立刻跳起→在油轮飞行轨迹正上方按R1发射艾梅利姆光线→二者碰撞瞬间会触发导弹锁定音效；若光线偏移超过半个身位，R30不会命中，隐藏条件失败。
