1. 准备工作 ? 下载 Mysql 数据库并安装: http://www.mysql.com/downloads/mysql/ 。下个 Essentials 版本的就可以了。然后装上。(出问题自己解决) ? 下载所需的数据文件: http://archive.geneontology.org/latest-full/go_201011-assocdb-data.gz ( 下
1. 准备工作
? 下载Mysql数据库并安装:http://www.mysql.com/downloads/mysql/。下个Essentials版本的就可以了。然后装上。(出问题自己解决)
? 下载所需的数据文件:
http://archive.geneontology.org/latest-full/go_201011-assocdb-data.gz (下载最新的)
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/gene_info.gz
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/gene2accession.gz
ftp://ftp.pir.georgetown.edu/databases/idmapping/idmapping.tb.gz
以上数据均下载最新的。
? 下载local_b2g_db_tutorial_0609.zip. 在blast2go的网站上下载。
2. 本地化构建? 更改数据存放目录
如果默认安装Mysql数据库的话,是装在C盘的,但是一般C盘的空间比较小,而要导入的数据很大,所以要改变一下Mysql 的数据存储目录。
查看路径:mysql > show variables like “%dir%”; 在这个命令的结果中会看到datadir的路径,下边就是将这个路径改到别的位置。
改变路径:
停止mysql服务:net stop mysql; 更改my.ini中的datadir信息,并将原来的data目录copy到更改以后的路径中;重启服务:net start mysql.
? 创建数据库和表
在local_b2g_db_tutorial_0609 中有个b2g_db.sql文件,该文件是用来构建b2g数据库和建立相应表的文件,可以直接导入到mysql 中。
原始的这个文件有几个错误,要改一下:
1) 原始第9行:GRANT * , 改为 GRANT ALL.
2) 原始第10行:添加 use b2g;
3) 原始第26行:’description’ text NOT NULL default ‘’, 将default ‘’去掉。
这样,这个文件就可以直接导入了。
导入:sh> mysql –uroot –p
这样在原来的mysql数据库中就多了一个b2g的数据库,同时这个库中还有三个表。自己查看一下,同时查看一下现在的数据存放目录是否改变了。
? 导入数据:
下边要导入已经下载好的4个数据文件。先都解压了,数据还是比较大的。
1)
导入go_
进入mysql:
sh> mysql b2g –s –b –uroot –p
-s : silent mode: produce less out and speed up
-b : suppress the beep when errors occur
然后 mysql> source c:/go_****-assocdb-data
时间很长,等吧。
? 导入gene2accession
mysql> load data local infile “path/gene2accession” into table gene2accession;
OK, 无错误
? 导入gene_info
Mysql> load data local infile “path/geneinfo” into table gene_info;
OK,无错误
? 导入PIR file(idmapping)
这个需要通过blast2go界面进行导入。Blast2go下的Tools-> DB configuration, 改变db-host, name, password,一般变为localhost, root , ***,然后选择 tools-> import PIR mapping to a local B2G-DB,导入。
3. 总结? 这里导入的数据仅仅解决了mapping的步骤,其他的步骤还需要通过网络,并没有本地化,mapping的速度是最慢的,本地化后会快很多。
? 检测是否构建成功:在blast2go的主界面中点击绿色的箭头,出现图形说明数据库已经建好了。
4. 可能出现的错误? Network Connection Problem Premature EOF.过早结束。这个错误可能是由于杀毒软件造成的,关掉杀毒软件试试。不想关的话,放宽一下杀毒软件的过滤条件试试。
? Blast2go的blast步骤需要多作几次,直到最后两次的miss blast一样为止,一般不存在blast结果的序列还是很少的。如果你没有大型的服务器,个人觉得通过NCBI blast反而比自己本地blast要快。
? 富集分析:有时不报错,但是长时间不出结果,可能是杀毒软件的问题,关掉就很快出结果了。如果P值全为1,也这么做,试试看了。
? Could not create the java virtual machine的问题,可能是启动的blast2go需要的内存太多,设定一个小的内存使用量就可以了。
? Blast2go 会自动覆盖重复记录。会用后边的记录覆盖前边的记录。如果前面导入的结果为20个hit,后面相同记录为19个hit,那么最终的结果为19个hit.所以再比对nr和swissprot的时候,应该分开计算结果,然后再合并。
? Blast2go导入本地blast结果文件,受到序列条目和文件大小的限制,3000条序列一个文件是可以的(测试过),占内存很严重。文件大小在100M左右是可以的。
? 用独立的blast程序比对swissprot数据库出现问题,xml结果中hit-id不正确,导致blast2go无法识别,可能是formatdb时出现了错误,自己检查一下。
? 一般GO 分类中,biological process的节点很多,在blast2go中,这步出图的时候总是容易卡死,需要改变一下blast2go配置文件中图形节点的最大值,改大点应该可以出来。
5. 建议? 富集分析做barchart的时候,用p-value比较好,可以在图形中显示over 和under。不推荐用FDR。
? Blast2go出来的分类饼图是不包括unknown类别的,个人建议用blast2go出来的数据重新画一个分布饼图,将unknown类放进去。
? 做blast的时候HSP的长度最好设定一下。
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Steam是十分受欢迎的一个平台游戏,拥有众多优质游戏,可是有些win10用户体现自己下载不了steam,这是怎么回事呢?极有可能是用户的ipv4服务器地址没有设置好。要想解决这个问题的话,你可以试着在兼容模式下安装Steam,随后手动修改一下DNS服务器,将其改成114.114.114.114,以后应当就能下载了。win10下载不了steam怎么办:WIn10下能够试着兼容模式下安装,更新后必须关掉兼容模式,不然网页将无法加载。点击程序安装的属性,以兼容模式运作运行这个程序。重启以增加内存,电

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