ibaties+mysql+java 查询性能问题

mysql性能java

通过ibaties 访问数据库返回列表给Java list,mysql控制台查询0.004秒 Java代码执行1分钟左右。有些时候 通过mysql管理工具查询几百万数据简单的sql实际看到数据时间是4分钟，系统返回的查询时间时0.002秒这种问题是由于什么引起的。怎样优化此类问题谢谢.
补充一下：不考虑硬件。