python--DICOM影像的研究

       DICOM3.0影像，由醫學影像設備產生標準醫學影像影像，DICOM被廣泛應用於放射醫療，心血管影像以及放射診療診斷設備（X射線，CT，核磁共振，超音波等），並且在眼科和牙科等其它醫學領域得到越來越深入廣泛的應用。在數以萬計的在用醫學影像設備中，DICOM是部署最為廣泛的醫療資訊標準之一。目前約有百億級符合DICOM標準的醫學影像用於臨床使用。

        看似神祕的影像文件，究竟是如何讀取呢？網路上隨便 一搜，都有很多方法，但缺乏比較系統的使用方法，下文綜合百度資料，結合python2.7，講解如何讀取及使用DICOM影像。

        讀取DICOM影像，需要下列資料庫：pydicom、CV2、numpy、matplotlib。 pydicom專門處理dicom影像的python專用包，numpy高效處理科學計算的包，依據資料繪圖的函式庫。

        安裝：

        

1 pip install matplotlib

 pip install opencv-python  #opencv的安装，小度上基本都是要下载包，安装包后把包复制到某个文件夹下，
#后来我在找到这种pip的安装方法，亲测可用

1 pip install pydicom

##

1 pip install numpy

#

 1 #-*-coding:utf-8-*- 2 import cv2 3 import numpy 4 import dicom 5 from matplotlib import pyplot as plt 6  7 dcm = dicom.read_file("AT0001_100225002.DCM") 8 dcm.image = dcm.pixel_array * dcm.RescaleSlope + dcm.RescaleIntercept 9 10 slices = []11 slices.append(dcm)12 img = slices[ int(len(slices)/2) ].image.copy()13 ret,img = cv2.threshold(img, 90,3071, cv2.THRESH_BINARY)14 img = numpy.uint8(img)15 16 im2, contours, _ = cv2.findContours(img,cv2.RETR_LIST,cv2.CHAIN_APPROX_SIMPLE)17 mask = numpy.zeros(img.shape, numpy.uint8)18 for contour in contours:19     cv2.fillPoly(mask, [contour], 255)20 img[(mask > 0)] = 25521 22 23 kernel = cv2.getStructuringElement(cv2.MORPH_ELLIPSE,(2,2))24 img = cv2.morphologyEx(img, cv2.MORPH_OPEN, kernel)25 26 27 img2 = slices[ int(len(slices)/2) ].image.copy()28 img2[(img == 0)] = -200029 30 31 plt.figure(figsize=(12, 12))32 plt.subplot(131)33 plt.imshow(slices[int(len(slices) / 2)].image, 'gray')34 plt.title('Original')35 plt.subplot(132)36 plt.imshow(img, 'gray')37 plt.title('Mask')38 plt.subplot(133)39 plt.imshow(img2, 'gray')40 plt.title('Result')41 plt.show()

##   記錯，安裝pydicom時，也會自動把numpy安裝上去。

        安裝這些函式庫後，就可以對dicom檔案操作。具體看下面程式碼：

 1 import dicom 2 import json 3 def loadFileInformation(filename): 4     information = {} 5     ds = dicom.read_file(filename) 6     information['PatientID'] = ds.PatientID 7     information['PatientName'] = ds.PatientName 8     information['PatientBirthDate'] = ds.PatientBirthDate 9     information['PatientSex'] = ds.PatientSex10     information['StudyID'] = ds.StudyID11     information['StudyDate'] = ds.StudyDate12     information['StudyTime'] = ds.StudyTime13     information['InstitutionName'] = ds.InstitutionName14     information['Manufacturer'] = ds.Manufacturer15     print dir(ds)16     print type(information)17     return information18 19 a=loadFileInformation('AT0001_100225002.DCM')20 print a

在DICOM影像裡，包含了病患的相關資訊的字典，我們可以透過dir查看DICOM檔​​案有什麼訊息，可以透過字典傳回相關的值。

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