關於python讀取DICOM影像的程式碼實例分享

DICOM（Digital Imaging and Communications in Medicine）即醫學數位成像和通信，是醫學影像和相關資訊的國際標準（ISO 12052）。以下這篇文章主要為大家介紹了關於python對DICOM圖像讀取的相關資料，需要的朋友可以參考借鑒，下面來一起看看吧。

DICOM介紹

DICOM3.0影像，由醫學影像設備產生標準醫學影像影像，DICOM被廣泛應用於放射醫療，心血管影像以及放射診療診斷設備（X射線，CT，核磁共振，超音波等），並且在眼科和牙科等其它醫學領域得到越來越深入廣泛的應用。在數以萬計的在用醫學影像設備中，DICOM是部署最為廣泛的醫療資訊標準之一。目前約有百億級符合DICOM標準的醫學影像用於臨床使用。

看似神秘的圖片文件，究竟是如何讀取呢？網路上隨便 一搜，都有很多方法，但缺乏比較系統的使用方法，下文綜合百度資料，結合python2.7，講解如何讀取及使用DICOM影像。

讀取DICOM影像，需要以下幾個函式庫：pydicom、CV2、numpy、matplotlib。 pydicom專門處理dicom圖像的python專用包，numpy高效處理科學計算的包，依據數據繪圖的庫。

安裝：

pip install matplotlib

pip install opencv-python #opencv的安装，小度上基本都是要下载包，安装包后把包复制到某个文件夹下，
#后来我在https://pypi.python.org/pypi/opencv-python找到这种pip的安装方法，亲测可用

pip install pydicom

pip install numpy

如果沒有記錯，安裝pydicom時，也會自動把numpy安裝上去。

安裝好這些函式庫後，就可以對dicom檔案操作。

具體看下面程式碼：

#-*-coding:utf-8-*-
import cv2
import numpy
import dicom
from matplotlib import pyplot as plt

dcm = dicom.read_file("AT0001_100225002.DCM")
dcm.image = dcm.pixel_array * dcm.RescaleSlope + dcm.RescaleIntercept

slices = []
slices.append(dcm)
img = slices[ int(len(slices)/2) ].image.copy()
ret,img = cv2.threshold(img, 90,3071, cv2.THRESH_BINARY)
img = numpy.uint8(img)

im2, contours, _ = cv2.findContours(img,cv2.RETR_LIST,cv2.CHAIN_APPROX_SIMPLE)
mask = numpy.zeros(img.shape, numpy.uint8)
for contour in contours:
 cv2.fillPoly(mask, [contour], 255)
img[(mask > 0)] = 255


kernel = cv2.getStructuringElement(cv2.MORPH_ELLIPSE,(2,2))
img = cv2.morphologyEx(img, cv2.MORPH_OPEN, kernel)


img2 = slices[ int(len(slices)/2) ].image.copy()
img2[(img == 0)] = -2000


plt.figure(figsize=(12, 12))
plt.subplot(131)
plt.imshow(slices[int(len(slices) / 2)].image, 'gray')
plt.title('Original')
plt.subplot(132)
plt.imshow(img, 'gray')
plt.title('Mask')
plt.subplot(133)
plt.imshow(img2, 'gray')
plt.title('Result')
plt.show()

在DICOM影像裡，包含了病患的相關資訊的字典，我們可以透過dir查看DICOM文件有什麼訊息，可以透過字典傳回相關的值。

import dicom
import json
def loadFileInformation(filename):
 information = {}
 ds = dicom.read_file(filename)
 information['PatientID'] = ds.PatientID
 information['PatientName'] = ds.PatientName
 information['PatientBirthDate'] = ds.PatientBirthDate
 information['PatientSex'] = ds.PatientSex
 information['StudyID'] = ds.StudyID
 information['StudyDate'] = ds.StudyDate
 information['StudyTime'] = ds.StudyTime
 information['InstitutionName'] = ds.InstitutionName
 information['Manufacturer'] = ds.Manufacturer
 print dir(ds)
 print type(information)
 return information

a=loadFileInformation('AT0001_100225002.DCM')
print a

總結

#

以上是關於python讀取DICOM影像的程式碼實例分享的詳細內容。更多資訊請關注PHP中文網其他相關文章！