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如何使用 Python 進行穩定可靠的檔案操作

巴扎黑
巴扎黑原創
2017-04-05 14:34:081408瀏覽

  程式需要更新檔案。雖然大部分程式設計師知道在執行I/O的時候會發生不可預期的事情,但是我經常看到一些異常幼稚的程式碼。在本文中,我想分享一些如何在Python程式碼中改善I/O可靠性的見解。

#   考慮下述Python程式碼片段。對檔案中的資料進行某些操作,然後將結果儲存回檔案中:

with open(filename) as f:
   input = f.read()
output = do_something(input)
with open(filename, 'w') as f:
   f.write(output)

  看起來很簡單吧?可能看起來不像乍看這麼簡單。我在產品伺服器中調試應用,經常會出現奇怪的行為。

  這是我看過的失效模式的例子:

  • 失控的伺服器程序溢出大量日誌,磁碟被填滿。 write()在截斷檔案之後拋出異常,檔案就會變成空的。


  • # 應用的幾個實例並行執行。在各個實例結束之後,因為混合了多個實例的輸出,檔案內容最終變成了天書。


  • # 在完成了寫入操作之後,應用程式會觸發一些後續操作。幾秒鐘後斷電。在我們重啟了伺服器之後,我們再一次看到了舊的文件內容。已經傳遞給其它應用的數據與我們在文件中看到的不再一致。

  下面沒有什麼新的內容。本文的目的是為在系統程式設計方面缺乏經驗的Python開發者提供常見的方法和技術。我將會提供程式碼例子,使得開發者可以輕鬆的將這些方法應用到自己的程式碼中。

 「可靠性」意味著什麼?

  廣義的講,可靠性意味著在所有規定的條件下操作都能執行它所需的函數。至於文件的操作,這個函數就是創建,替換或是追加文件的內容的問題。這裡可以從資料庫理論上獲得靈感。經典的事務模型的ACID性質作為指導來提高可靠性。

  開始之前,讓我們先來看看我們的例子怎樣和ACID4個性質扯上關係:

  • 原子性(Atomicity)要求這個事務要嘛完全成功,要嘛完全失敗。在上面的實例中,磁碟滿了可能導致部分內容寫入檔案。另外,如果正當在寫入內容時其它程式又在讀取文件,它們可能獲得是部分完成的版本,甚至會導致寫入錯誤


  • 一致性(Consistency) 表示作業必須從系統的一個狀態到另一個狀態。一致性可以分為兩個部分:內部和外部一致性。內部一致性是指文件的資料結構是一致的。外部一致性是指文件的內容與它相關的資料是相符合的。在這個例子中,因為我們不了解這個應用,所以很難推論是否符合一致性。但因為一致性需要原子性,我們至少可以說沒有保證內部一致性。


  • # 隔離性(Isolation)如果在並發的執行事務中,多個相同的事務導致了不同的結果,就違反了隔離性。很明顯上面的程式碼對操作失敗或其它隔離性失敗都沒有保護。


  • # 持久性(Durability)意味著改變是持久不變的。在我們告訴用戶成功之前,我們必須確保我們的資料儲存是可靠的並且不只是一個寫入快取。上面的程式碼已經成功寫入資料的前提是假設我們呼叫write()函數,磁碟I/O就立即執行。但是POSIX標準是不保證這個假設的。

 盡可能使用資料庫系統

#   如果我們能夠獲得ACID 四個性質,那麼我們增加可靠性方面取得了長遠發展。但這需要很大的編碼功勞。為什麼重複發明輪子?大多數資料庫系統已經有ACID事務了。

  可靠性資料儲存已經是一個已解決的問題。如果你需要可靠性存儲,請使用資料庫。很可能,沒有幾十年的功夫,你自己解決這方面的能力沒有那些已經專注這方面好些年的人好。如果你不想安裝一個大資料庫伺服器,那麼你可以使用sqlite,它具有ACID事務,很小,免費的,而且它包含在Python的標準函式庫中。

  文章本該在這裡就結束的,但是還有一些有根有據的原因,就是不使用數據。它們通常是文件格式或文件位置約束。這兩個在資料庫系統中都不好控制。理由如下:

  • # 我們必須處理其它應用產生的固定格式或在固定位置的文件,


  • 我們必須為了其它應用的消耗而寫檔案(並且應用了相同的限制條件)


  • 我们的文件必须方便人阅读或者修改。

  ...等等。你懂的。

  如果我们自己动手实现可靠的文件更新,那么这里有一些编程技术供参考。下面我将展示四种常见的操作文件更新模式。在那之后,我会讨论采取哪些步骤在每个文件更新模式下满足ACID性质。

 文件更新模式

  文件可以以多种方式更新,但是我认为至少有四种常见的模式。这四种模式将做为本文剩余部分的基础。

  截断-写

  这可能是最基本的模式。在下述例子中,假设的域模型代码读数据,执行一些计算,然后以写模式重新打开存在的文件:

with open(filename, 'r') as f:
   model.read(f)
model.process()
with open(filename, 'w') as f:
   model.write(f)

  此模式的一个变种以读写模式打开文件(Python中的“加”模式),寻找到开始的位置,显式调用truncate(),重写文件内容。

with open(filename, 'a+') as f:
   f.seek(0)
   model.input(f.read())
   model.compute()
   f.seek(0)
   f.truncate()
   f.write(model.output())

  该变种的优势是只打开文件一次,始终保持文件打开。举例来说,这样可以简化加锁。

  写-替换

  另外一种广泛使用的模式是将新内容写到临时文件,之后替换原始文件:

with tempfile.NamedTemporaryFile(
      'w', dir=os.path.dirname(filename), delete=False) as tf:
   tf.write(model.output())
   tempname = tf.name
os.rename(tempname, filename)

  该方法与截断-写方法相比对错误更具有鲁棒性。请看下面对原子性和一致性的讨论。很多应用使用该方法。

  这两个模式很常见,以至于linux内核中的ext4文件系统甚至可以自动检测到这些模式,自动修复一些可靠性缺陷。但是不要依赖这一特性:你并不是总是使用ext4,而且管理员可能会关掉这一特性。

  追加

  第三种模式就是追加新数据到已存在的文件:

with open(filename, 'a') as f:
   f.write(model.output())

  这个模式用来写日志文件和其它累积处理数据的任务。从技术上讲,它的显著特点就是极其简单。一个有趣的扩展应用就是常规操作中只通过追加操作更新,然后定期重新整理文件,使之更紧凑。

  Spooldir

  这里我们将目录做为逻辑数据存储,为每条记录创建新的唯一命名的文件:

with open(unique_filename(), 'w') as f:
   f.write(model.output())

  该模式与附加模式一样具有累积的特点。一个巨大的优势是我们可以在文件名中放入少量元数据。举例来说,这可以用于传达处理状态的信息。spooldir模式的一个特别巧妙的实现是maildir格式。maildirs使用附加子目录的命名方案,以可靠的、无锁的方式执行更新操作。md和gocept.filestore库为maildir操作提供了方便的封装。

  如果你的文件名生成不能保证唯一的结果,甚至有可能要求文件必须实际上是新的。那么调用具有合适标志的低等级os.open():

fd = os.open(filename, os.O_WRONLY | os.O_CREAT| os.O_EXCL, 0o666)
with os.fdopen(fd, 'w') as f:
   f.write(...)

  在以O_EXCL方式打开文件后,我们用os.fdopen将原始的文件描述符转化为普通的Python文件对象。

 应用ACID属性到文件更新

  下面,我将尝试加强文件更新模式。反过来让我们看看可以做些什么来满足ACID属性。我将会尽可能保持简单,因为我们并不是要写一个完整的数据库系统。请注意本节的材料并不彻底,但是可以为你自己的实验提供一个好的起点。

  原子性

  写-替换模式提供了原子性,因为底层的os.rename()是原子性的。这意味着在任意给定时间点,进程或者看到旧的文件,或者看到新的文件。该模式对写错误具有天然的鲁棒性:如果写操作触发异常,重命名操作就不会被执行,所有就没有用损坏的新文件覆盖正确的旧文件的风险。

  附加模式并不是原子性的,因为有附加不完整记录的风险。但是有个技巧可以使更新具有原子性:为每个写操作标注校验和。之后读日志的时候,忽略所有没有有效校验和的记录。以这种方式,只有完整的记录才会被处理。在下面的例子中,应用做周期性的测量,每次在日志中附加一行JSON记录。我们计算记录的字节表示形式的CRC32校验和,然后附加到同一行:

with open(logfile, 'ab') as f:
    for i in range(3):
        measure = {'timestamp': time.time(), 'value': random.random()}
        record = json.dumps(measure).encode()
        checksum = '{:8x}'.format(zlib.crc32(record)).encode()
        f.write(record + b' ' + checksum + b'\n')

  该例子代码通过每次创建随机值模拟测量。

$ cat log
{"timestamp": 1373396987.258189, "value": 0.9360123151217828} 9495b87a
{"timestamp": 1373396987.25825, "value": 0.40429005476999424} 149afc22
{"timestamp": 1373396987.258291, "value": 0.232021160265939} d229d937

  想要处理这个日志文件,我们每次读一行记录,分离校验和,与读到的记录比较。

with open(logfile, 'rb') as f:
    for line in f:
        record, checksum = line.strip().rsplit(b' ', 1)
        if checksum.decode() == '{:8x}'.format(zlib.crc32(record)):
            print('read measure: {}'.format(json.loads(record.decode())))
        else:
            print('checksum error for record {}'.format(record))

  现在我们通过截断最后一行模拟被截断的写操作:

$ cat log
{"timestamp": 1373396987.258189, "value": 0.9360123151217828} 9495b87a
{"timestamp": 1373396987.25825, "value": 0.40429005476999424} 149afc22
{"timestamp": 1373396987.258291, "value": 0.23202

  当读日志的时候,最后不完整的一行被拒绝:

$ read_checksummed_log.py log
read measure: {'timestamp': 1373396987.258189, 'value': 0.9360123151217828}
read measure: {'timestamp': 1373396987.25825, 'value': 0.40429005476999424}
checksum error for record b'{"timestamp": 1373396987.258291, "value":'

  添加校验和到日志记录的方法被用于大量应用,包括很多数据库系统。

  spooldir中的单个文件也可以在每个文件中添加校验和。另外一个可能更简单的方法是借用写-替换模式:首先将文件写到一边,然后移到最终的位置。设计一个保护正在被消费者处理的文件的命名方案。在下面的例子中,所有以.tmp结尾的文件都会被读取程序忽略,因此在写操作的时候可以安全的使用。

newfile = generate_id()
with open(newfile + '.tmp', 'w') as f:
   f.write(model.output())
os.rename(newfile + '.tmp', newfile)

  最后,截断-写是非原子性的。很遗憾我不能提供满足原子性的变种。在执行完截取操作后,文件是空的,还没有新内容写入。如果并发的程序现在读文件或者有异常发生,程序中止,我们既看不久的版本也看不到新的版本。

  一致性

  我谈论的关于原子性的大部分内容也可以应用到一致性。实际上,原子性更新是内部一致性的前提条件。外部一致性意味着同步更新几个文件。这不容易做到,锁文件可以用来确保读写访问互不干涉。考虑某目录下的文件需要互相保持一致。常用的模式是指定锁文件,用来控制对整个目录的访问。

  写程序的例子:

with open(os.path.join(dirname, '.lock'), 'a+') as lockfile:
   fcntl.flock(lockfile, fcntl.LOCK_EX)
   model.update(dirname)

  读程序的例子:

with open(os.path.join(dirname, '.lock'), 'a+') as lockfile:
   fcntl.flock(lockfile, fcntl.LOCK_SH)
   model.readall(dirname)

  该方法只有控制所有读程序才生效。因为每次只有一个写程序活动(独占锁阻塞所有共享锁),所有该方法的可扩展性有限。

  更进一步,我们可以对整个目录应用写-替换模式。这涉及为每次更新创建新的目录,更新完成后改变符合链接。举例来说,镜像应用维护一个包含压缩包和列出了文件名、文件大小和校验和的索引文件的目录。当上流的镜像更新,仅仅隔离地对压缩包和索引文件进项原子性更新是不够的。相反,我们需要同时提供压缩包和索引文件以免校验和不匹配。为了解决这个问题,我们为每次生成维护一个子目录,然后改变符号链接激活该次生成。

mirror
|-- 483
|   |-- a.tgz
|   |-- b.tgz
|   `-- index.json
|-- 484
|   |-- a.tgz
|   |-- b.tgz
|   |-- c.tgz
|   `-- index.json
`-- current -> 483

  新的生成484正在被更新的过程中。当所有压缩包准备好,索引文件更新后,我们可以用一次原子调用os.symlink()来切换current符号链接。其它应用总是或者看到完全旧的或者完全新的生成。读程序需要使用os.chdir()进入current目录,很重要的是不要用完整路径名指定文件。否在当读程序打开current/index.json,然后打开current/a.tgz,但是同时符号链接已经改变时就会出现竞争条件。

  隔离性

  隔离性意味着对同一文件的并发更新是可串行化的——存在一个串行调度使得实际执行的并行调度返回相同的结果。“真实的”数据库系统使用像MVCC这种高级技术维护可串行性,同时允许高等级的可并行性。回到我们的场景,我们最后使用加锁来串行文件更新。

  对截断-写更新进行加锁是容易的。仅仅在所有文件操作前获取一个独占锁就可以。下面的例子代码从文件中读取一个整数,然后递增,最后更新文件:

def update():
   with open(filename, 'r+') as f:
      fcntl.flock(f, fcntl.LOCK_EX)
      n = int(f.read())
      n += 1
      f.seek(0)
      f.truncate()
      f.write('{}\n'.format(n))

  使用写-替换模式加锁更新就有点儿麻烦啦。像 截断-写那样使用锁可能导致更新冲突。某个幼稚的实现可能看起来像这样:

def update():
   with open(filename) as f:
      fcntl.flock(f, fcntl.LOCK_EX)
      n = int(f.read())
      n += 1
      with tempfile.NamedTemporaryFile(
            'w', dir=os.path.dirname(filename), delete=False) as tf:
         tf.write('{}\n'.format(n))
         tempname = tf.name
      os.rename(tempname, filename)

  这段代码有什么问题呢?设想两个进程竞争更新某个文件。第一个进程运行在前面,但是第二个进程阻塞在fcntl.flock()调用。当第一个进程替换了文件,释放了锁,现在在第二个进程中打开的文件描述符指向了一个包含旧内容的“幽灵”文件(任意路径名都不可达)。想要避免这个冲突,我们必须检查打开的文件是否与fcntl.flock()返回的相同。所以我写了一个新的LockedOpen上下文管理器来替换内建的open上下文。来确保我们实际打开了正确的文件:

class LockedOpen(object):

    def __init__(self, filename, *args, **kwargs):
        self.filename = filename
        self.open_args = args
        self.open_kwargs = kwargs
        self.fileobj = None

    def __enter__(self):
        f = open(self.filename, *self.open_args, **self.open_kwargs)
        while True:
            fcntl.flock(f, fcntl.LOCK_EX)
            fnew = open(self.filename, *self.open_args, **self.open_kwargs)
            if os.path.sameopenfile(f.fileno(), fnew.fileno()):
                fnew.close()
                break
            else:
                f.close()
                f = fnew
        self.fileobj = f
        return f

    def __exit__(self, _exc_type, _exc_value, _traceback):
        self.fileobj.close()
    def update(self):
        with LockedOpen(filename, 'r+') as f:
            n = int(f.read())
            n += 1
            with tempfile.NamedTemporaryFile(
                    'w', dir=os.path.dirname(filename), delete=False) as tf:
                tf.write('{}\n'.format(n))
                tempname = tf.name
            os.rename(tempname, filename)

  给追加更新上锁如同给截断-写更新上锁一样简单:需要一个排他锁,然后追加就完成了。需要长期运行的会将文件长久的打开的进程,可以在更新时释放锁,让其它进入。

  spooldir模式有个很优美的性质就是它不需要任何锁。此外,你建立在使用灵活的命名模式和一个健壮的文件名分代。邮件目录规范就是一个spooldir模式的好例子。它可以很容易的适应其它情况,不仅仅是处理邮件。

  持久性

  持久性有点特殊,因为它不仅依赖于应用,也与OS和硬件配置有关。理论上来说,我们可以假定,如果数据没有到达持久存储,os.fsync()或os.fdatasync()调用就没有返回结果。在实际情况中,我们有可能会遇到几个问题:我们可能会面对不完整的fsync实现,或者糟糕的磁盘控制器配置,它们都无法提供任何持久化的保证。有一个来自 MySQL 开发者 的讨论对哪里会发生错误进行了详尽的讨论。有些像PostgreSQL 之类的数据库系统,甚至提供了持久化机制的选择 ,以便管理员在运行时刻选择最佳的一个。然而不走运的人只能使用os.fsync(),并期待它可以被正确的实现。

  通过截断-写模式,在结束写操作以后关闭文件以前,我们需要发送一个同步信号。注意通常这还牵涉到另一个层次的写缓存。glibc 缓存 甚至会在写操作传递到内核以前,在进程内部拦住它。同样为了得到空的glibc缓存,我们需要在同步以前对它flush():

with open(filename, 'w') as f:
   model.write(f)
   f.flush()
   os.fdatasync(f)

  要不,你也可以带参数-u调用Python,以此为所有的文件I/O获得未缓冲的写。

  大多数时候相较os.fsync()我更喜欢os.fdatasync(),以此避免同步元数据的更新(所有权、大小、mtime…)。元数据的更新可最终导致磁盘I/O搜索操作,这会使整个过程慢不少。

  对写-替换风格更新使用同样的技巧只是成功了一半。我们得确保在代替旧文件之前,新写入文件的内容已经写入了非易失性存储器上了,但是替换操作怎么办?我们不能保证那个目录更新是否执行的刚刚好。在网络上有很多关于怎么让同步目录更新的长篇大论。但是在我们这种情况,旧文件和新文件都在同一个目录下,我们可以使用简单的解决方案来逃避这个这题。

os.rename(tempname, filename)
dirfd = os.open(os.path.dirname(filename), os.O_DIRECTORY)
os.fsync(dirfd)
os.close(dirfd)

  我们调用底层的os.open()来打开目录(Python自带的open()方法不支持打开目录),然后在目录文件描述符上执行os.fsync()。

  对待追加更新和我以及说过的截断-写是相似的。

  spooldir模式与写-替换模式同样的目录同步问题。幸运地是,可以使用同样的解决方案:第一步同步文件,然后同步目录。

 总结

  这使可靠的更新文件成为可能。我已经演示了满足ACID的四大性质。这些展示的实例代码充当一个工具箱。掌握这编程技术最大的满足你的需求。有时,你并不需要满足所有的ACID性质,可能仅仅需要一到两个。我希望这篇文章可以帮助你去做已充分了解的决定,什么该去实现以及什么该舍弃。

  英文来源:http://blog.gocept.com/2013/07/15/reliable-file-updates-with-python/

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