Chatmosp Msr Generator

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MSR(多尺度结构重构)计算引擎,归属chatMOSP系统。调用mosp-for-chatMOSP/utils/msr.py生成金属团簇结构(Wulff构造),输出ini.xyz和{task_name}_cluster.xyz,随后自动生成PNG结构图和GIF旋转动画。

名称: chalmosp-msr-generator. 描述: QQMSR(多比例结构重建) ChalMOSP系统的计算引擎.

功能概述

名称: chalmosp-msr-generator. 描述: QQMSR(多比例结构重建) ChalMOSP系统的计算引擎.是一项面向实际任务的技能,主要用于Inovokes misp- for-chatMOSP/utils/msr.py 生成金属集群。它将相关步骤、工具调用和结果整理方式集中到统一流程中,帮助使用者更快完成目标并减少重复操作。

核心要点

  • 使用时应结合输入条件选择合适的执行方式,核对必要参数、依赖环境与输出内容,并按原始要求处理异常情况。
  • 从功能定位来看,该技能强调把分散的操作要求整理成清晰、可复用的处理流程,使用户能够围绕既定目标快速准备输入、选择执行方式并获得结构化结果。
  • 实际使用前应先确认任务范围、数据来源、运行环境、必要权限和关键参数,再依据技能说明逐步执行;

使用与执行

若输入条件不完整,应先补齐信息或采用保守配置,避免因错误假设导致结果偏离需求。执行过程中需要关注工具调用是否成功、接口或依赖是否可用、输出格式是否符合预期,并对异常提示、缺失字段和边界情况进行处理;

结果检查与注意事项

涉及批量任务时,还应保存进度,避免中断后重复操作。该技能适合用于一次性任务,也可以接入自动化工作流,与其他技能或上层代理配合完成更完整的业务链路;在组合使用时,应明确每一步的输入输出关系,并避免不同步骤之间出现参数冲突。

--- name: chatmosp-msr-generator description: | chatMOSP 系统的 MSR(Multiscale Structure Reconstruction,多尺度结构重构)计算引擎。 调用 `mosp-for-chatMOSP/utils/msr.py` 生成金属团簇结构(Wulff 构型),输出 `ini.xyz` 和 `{task_name}_cluster.xyz`; 自动渲染结构 PNG 图像与 GIF 旋转动画; 最终通过 Feishu 将结果发送给用户。 触发条件:在 parameter-builder 完成参数构建、且用户通过五选项确认提示完成确认后,本技能执行 MSR 计算。

语言路由 / Language routing
根据用户最新一条消息自动识别其语言。

  • 若用户使用英文输入,则继续使用本英文文档,并以英文响应。
  • 若用户使用中文输入,请读取本目录下的 SKILL.md 文件,并以中文响应。
    始终使响应语言与用户输入语言保持一致。

chatmosp-msr-generator

1. 核心职责

  1. 执行金属团簇结构生成(Wulff 构型)
  2. 校验输入参数完整性
  3. 对大尺寸团簇(R ≥ 50 Å)发出警告
  4. 生成结构文件及可视化图像
  5. 通过 Feishu 向用户发送结果

2. 前置条件

  • ✅ parameter-builder 已完成参数构建
  • ✅ 用户已通过五选项确认提示完成确认(参见 parameter-builder)
  • ✅ input.json 已存在于 OUTPUT/{task_name}/input.json
  • ✅ 目标目录已被 file-organizer 创建
  • ✅ 外部依赖 mosp-for-chatMOSP 已安装,且包含 utils/msr.py 与 utils/paint.py
  • ❌ 不得绕过 parameter-builder 手动构建参数
  • ❌ 不得跳过用户确认环节直接执行计算

3. 输入契约(input.json 中必需字段)

字段 说明
Element 金属元素(如 Pd、Pt、Au 等)
Temperature / Pressure 温度 / 压强
Gas1_name / Gas1_pp / Gas1_S 气体 1 名称 / 分压 / 气体熵
Gas2_name / Gas2_pp / Gas2_S 气体 2 名称 / 分压 / 气体熵
Radius 团簇半径(单位:Å)
nFaces / Face1 / Face2 / Face3 表面晶面参数

气体熵(Gas1_S / Gas2_S)由 parameter-builder 根据 §7.1 中公式自动计算。严禁手动填写或复用示例文件中的数值。

4. 大团簇警告

执行前必须检查团簇半径。当 R ≥ 50 Å 时,须向用户发出警告:

⚠️ 计算耗时警告:
当前团簇半径为 {R} Å,预计计算耗时约 {estimated_minutes} 分钟。
(R=50 Å ≈ 20 分钟,R=65 Å ≈ 40 分钟)
是否继续执行 MSR 计算?
半径 原子数(约) 耗时(约)
50 Å 11,000 20 分钟
65 Å 35,000 40 分钟
更大 呈立方增长 显著延长

5. 执行步骤

步骤 1:运行 MSR 计算

cd mosp-for-chatMOSP
python3 utils/msr.py --json OUTPUT/{task_name}/input.json --output OUTPUT/{task_name}/
cd -

步骤 2:校验输出

ls -lh OUTPUT/{task_name}/ini.xyz
ls -lh OUTPUT/{task_name}/{task_name}_cluster.xyz
  • ✅ ini.xyz 必须存在且大小 > 0 KB;否则表明 MSR 计算失败
  • ✅ {task_name}_cluster.xyz 必须存在(用于后续可视化)

步骤 3:生成可视化图像(需分两步独立执行)

# 静态结构图像
cd mosp-for-chatMOSP && python3 utils/paint.py 
  OUTPUT/{task_name}/{task_name}_cluster.xyz 
  --output OUTPUT/{task_name}/structure.png

# 旋转动画 GIF
cd mosp-for-chatMOSP && python3 utils/paint.py 
  OUTPUT/{task_name}/{task_name}_cluster.xyz 
  --gif OUTPUT/{task_name}/rotation.gif

paint.py 每次调用仅支持生成一种类型(PNG 或 GIF),因此必须分两次执行。当原子数 > 20,000 时,建议仅生成静态图像。

步骤 4:通过 Feishu 发送给用户

{
  "action": "send",
  "channel": "feishu",
  "filePath": "{workspace}/mosp-for-chatMOSP/OUTPUT/{task_name}/structure.png",
  "caption": "{Metal}-{T}K-{P}Pa-CO{pp1}%-O2{pp2}%-R{R}Å"
}

要求:

  1. 向用户发送 structure.png
  2. 向用户发送 rotation.gif
  3. 简要描述结构特征(例如:“Pd 纳米粒子呈截角八面体构型,主要暴露 (111) 晶面”)

6. 输出文件

文件 说明
ini.xyz 真实团簇结构(含全部原子),作为 KMC 的输入文件
{task_name}_cluster.xyz 按表面原子类别划分的结构文件,专用于绘图
faceinfo.txt 晶面信息统计
input.json MSR 参数文件
structure.png 静态结构图像
rotation.gif 旋转动画 GIF

7. 关键原则

  • MSR 的 input.json 中 不得包含 KMC 参数 —— KMC 参数由 kmc-simulator 独立准备
  • ini.xyz 是 MSR 的 输出,而非输入 —— 不应为 MSR 任务预先准备 ini.xyz
  • 禁止 直接复制 MOSP_database 中的示例文件 —— 必须通过 parameter-builder 重新计算气体熵

8. 错误处理

错误 应对措施
ini.xyz 缺失或大小为 0 KB MSR 执行失败;建议调整参数后重试
{task_name}_cluster.xyz 缺失 检查 MSR 日志;可能因收敛失败导致
MSR 超时 减小团簇半径,或核查参数有效性
用户取消操作 立即终止,保留已生成的文件

9. 跨技能协同

  • MSR → KMC:MSR 完成后生成 ini.xyz;KMC 任务由 kmc-simulator 独立从 MOSP_database 获取完整 KMC 参数,不得复用本技能的 input.json。详见 kmc-simulator。
  • MSR 失败 → parameter-builder:若因参数问题导致失败,应将问题返回至 parameter-builder 进行修正。
  • 重复执行 MSR:若目标目录已存在,须先征得用户同意再覆盖。

10. 依赖项

  • mosp-for-chatMOSP — MSR 计算引擎(已克隆)
  • chatmosp-parameter-builder — 参数构建与气体熵计算
  • chatmosp-file-organizer — 目录结构管理
  • chatmosp-input-coordinator — 任务入口协调器

11. 文件结构

chatmosp-msr-generator/
├── SKILL.md       # 中文参考文档
└── SKILL_cn.md    # 本文件(英文版)

12. 示例

用户:计算 500K 下 Pt 纳米粒子团簇结构

系统:[识别为 MSR 任务 → parameter-builder 检索参数 →
      展示五选项确认提示 → 用户确认 → R=20Å,无需警告 →
      调用 msr.py → 校验输出 → 生成 PNG+GIF → 通过 Feishu 发送]

ChatMOSP 辅助技能

本技能属于 ChatMOSP 技能集的一部分。为实现完整功能,请在缺失时从 ClawHub 安装以下配套 ChatMOSP 技能:

  • chatmosp-input-coordinator
  • chatmosp-parameter-builder
  • chatmosp-msr-generator
  • chatmosp-kmc-simulator
  • chatmosp-literature-search
  • chatmosp-file-organizer

若任一必需的辅助技能不可用,请提示用户先从 ClawHub 安装缺失的 ChatMOSP 技能,再继续操作。GitHub 仓库仅作为备用来源。

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