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通过NCBI公共API，无需API密钥，即可按期刊、年份或PMCID获取PubMed Central开放获取文章的全文或摘要。

PMC 收获

功能概述

PMC 收获是一项面向实际任务的技能，主要用于PubMed Central 使用 NCBI 官方API 的 Fetch 全文文章.；Features.；

核心要点

E- unitities 搜索 - 按日记查找文章, 年份, 查询.；
OAI- PMH 全文 - 检索完整 artic。
它将相关步骤、工具调用和结果整理方式集中到统一流程中，帮助使用者更快完成目标并减少重复操作。

使用与执行

使用时应结合输入条件选择合适的执行方式，核对必要参数、依赖环境与输出内容，并按原始要求处理异常情况。从功能定位来看，该技能强调把分散的操作要求整理成清晰、可复用的处理流程，使用户能够围绕既定目标快速准备输入、选择执行方式并获得结构化结果。实际使用前应先确认任务范围、数据来源、运行环境、必要权限和关键参数，再依据技能说明逐步执行；若输入条件不完整，应先补齐信息或采用保守配置，避免因错误假设导致结果偏离需求。

结果检查与注意事项

执行过程中需要关注工具调用是否成功、接口或依赖是否可用、输出格式是否符合预期，并对异常提示、缺失字段和边界情况进行处理；涉及批量任务时，还应保存进度，避免中断后重复操作。该技能适合用于一次性任务，也可以接入自动化工作流，与其他技能或上层代理配合完成更完整的业务链路；在组合使用时，应明确每一步的输入输出关系，并避免不同步骤之间出现参数冲突。

PMC Harvest

使用官方 NCBI API 从 PubMed Central 获取全文文章。

功能

E-utilities 搜索 —— 按期刊、年份或查询条件查找文章
OAI-PMH 全文获取 —— 获取完整的文章 XML（仅限开放获取内容）
批量采集 —— 同时处理多个期刊
摘要获取 —— 轻量级检索，适用于审阅队列
无需 API 密钥 —— 使用公开的 NCBI API（受速率限制）

使用方法

# 搜索某一期刊
node {baseDir}/scripts/pmc-harvest.js --search "J Stroke[journal]" --year 2025

# 获取指定文章的全文
node {baseDir}/scripts/pmc-harvest.js --fetch PMC12345678

# 批量采集多个期刊
node {baseDir}/scripts/pmc-harvest.js --harvest journals.json --year 2025

# 使用预设期刊运行测试
node {baseDir}/scripts/pmc-harvest.js --test

选项

标志	说明
`--search`	PMC 搜索查询（需使用 journal[name] 格式）
`--year`	按出版年份过滤
`--max`	最大返回结果数（默认：100）
`--fetch`	获取指定 PMCID 对应文章的全文
`--harvest`	从 JSON 格式的期刊列表中批量采集
`--test`	使用示例期刊运行测试

编程接口（API）

const pmc = require('{baseDir}/lib/api.js');

// 搜索
const { count, pmcids } = await pmc.searchJournal('"J Stroke"[journal]', { year: 2025 });

// 获取摘要信息
const summaries = await pmc.getSummaries(pmcids);

// 获取全文
const { available, xml, reason } = await pmc.fetchFullText('PMC12345678');

// 解析 JATS XML
const { title, abstract, body } = pmc.parseJATS(xml);

// 仅获取摘要（轻量级）
const { title, abstract } = await pmc.fetchAbstract('PMC12345678');

期刊查询示例

const queries = {
  'Stroke': '"Stroke"[journal]',
  'Journal of Stroke': '"J Stroke"[journal]',
  'Stroke & Vascular Neurology': '"Stroke Vasc Neurol"[journal]',
  'European Stroke Journal': '"Eur Stroke J"[journal]',
  'BMC Neurology': '"BMC Neurol"[journal]'
};

限制条件

OAI-PMH 仅返回开放获取文章 —— 受限内容不可获取
速率限制 —— 无 API 密钥时约为每秒 3 次请求
高峰时段 —— NCBI 建议避免在美东时间上午 5 点至晚上 9 点之间执行大规模批量请求

API 参考文档

本功能封装了 NCBI 的官方 API：

E-utilities: https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils
- esearch.fcgi —— 在 PMC 中执行搜索
- esummary.fcgi —— 获取文章元数据
OAI-PMH: https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/api/oai/v1/mh
- GetRecord —— 获取全文 XML