医疗文档预处理库:统一加载 pdf/doc/docx/xls/xlsx/csv/txt/json/图片等文件,输出标准中间产物(pages/text/json/tables),供其他 skill 的 run.py 调用。
医疗文档预处理公共库是一项面向实际任务的技能,主要用于本 skill 不独立运行,作为 共享工具库 被其他 skill 导入;提供统一的文件读取与预处理能力:从各种原始格式文件中提取文本,返回标准化的中间产物(artifact),供下游 skill 进行各自的业务转换;
解析 JSON 结构;读取行列数据;通过 openpyxl 读取(可选依赖)。它将相关步骤、工具调用和结果整理方式集中到统一流程中,帮助使用者更快完成目标并减少重复操作。
从功能定位来看,该技能强调把分散的操作要求整理成清晰、可复用的处理流程,使用户能够围绕既定目标快速准备输入、选择执行方式并获得结构化结果。实际使用前应先确认任务范围、数据来源、运行环境、必要权限和关键参数,再依据技能说明逐步执行;若输入条件不完整,应先补齐信息或采用保守配置,避免因错误假设导致结果偏离需求。执行过程中需要关注工具调用是否成功、接口或依赖是否可用、输出格式是否符合预期,并对异常提示、缺失字段和边界情况进行处理;涉及批量任务时,还应保存进度,避免中断后重复操作。
本 skill 不独立运行,作为共享工具库被其他 skill 导入。
提供统一的文件读取与预处理能力:从各种原始格式文件中提取文本,返回标准化的中间产物(artifact),供下游 skill 进行各自的业务转换。
| 格式 | 处理方式 |
|---|---|
txt / md |
直接读取文本 |
json |
解析 JSON 结构 |
csv |
读取行列数据 |
xlsx |
通过 openpyxl 读取(可选依赖) |
xls |
通过 LibreOffice 转换 |
docx |
解析 word/document.xml |
doc |
通过 LibreOffice 转换 |
pdf |
pypdf / pdftotext 提取文本 |
png/jpg/jpeg/bmp/tif/tiff |
tesseract OCR 识别 |
{"kind": "text", "text": str} # 单段纯文本
{"kind": "pages", "pages": List[str]} # 多页文本(pdf 多页)
{"kind": "json", "data": Any} # JSON 原始数据
{"kind": "tables", "tables": List[{"name": str, "rows": List[List[str]]}]} # 行列数据
在目标 skill 的 scripts/run.py 开头添加:
from pathlib import Path
import sys
SKILLS_ROOT = Path(__file__).resolve().parents[2]
_preprocess_dir = SKILLS_ROOT / "_shared" / "doc-preprocess" / "scripts"
if str(_preprocess_dir) not in sys.path:
sys.path.insert(0, str(_preprocess_dir))
from preprocess import (
PreprocessError,
SUPPORTED_FILE_TYPES,
detect_input_type,
normalize_header,
load_input_artifact,
)
load_input_artifact 签名:
def load_input_artifact(
path: Path,
input_type: str,
encoding: str = "utf-8",
sheet_name: str = "",
*,
pdf_as_single_text: bool = False,
) -> Dict[str, Any]: ...
pdf_as_single_text=False(默认):PDF 返回 {"kind": "pages", "pages": [...]} —— 适合需要逐页处理的 skill(慢病/大病审核)pdf_as_single_text=True:PDF 返回 {"kind": "text", "text": "..."} —— 适合把整份 PDF 当一段文本使用的 skill(复诊结构化/病历生成)| 函数 | 说明 |
|---|---|
detect_input_type(path, explicit) |
从文件后缀或显式参数推断输入类型 |
normalize_header(value) |
去除空白/连字符,转小写,用于列名匹配 |
load_input_artifact(...) |
主入口,返回 artifact dict |
extract_pdf_pages(path) |
提取 PDF 各页文本,返回 List[str] |
extract_pdf_text(path) |
提取 PDF 全文,返回 str |
extract_image_text(path) |
tesseract OCR,返回 str |
| 包名 | 用途 | 必要条件 |
|---|---|---|
openpyxl |
读取 .xlsx |
输入为 xlsx 时必须 |
pypdf |
提取 PDF 文本 | 输入为 pdf 时必须(或用 pdftotext 替代) |
安装:pip install openpyxl pypdf
| 工具 | 用途 | 必要条件 |
|---|---|---|
LibreOffice (soffice) |
转换 .doc / .xls |
输入为 doc/xls 时必须 |
pdftotext(poppler-utils) |
提取 PDF 文本 | 未安装 pypdf 时作为备选 |
tesseract(含 chi_sim+eng) |
图片 OCR | 输入为图片时必须 |
安装(Ubuntu/Debian):sudo apt-get install libreoffice poppler-utils tesseract-ocr tesseract-ocr-chi-sim
仅使用 JSON / txt 输入时,无需安装任何第三方包或外部工具。
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