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医疗文档预处理库:统一加载 pdf/doc/docx/xls/xlsx/csv/txt/json/图片等文件,输出标准中间产物(pages/text/json/tables),供其他 skill 的 run.py 调用。

医疗文档预处理公共库

功能概述

医疗文档预处理公共库是一项面向实际任务的技能,主要用于本 skill 不独立运行,作为 共享工具库 被其他 skill 导入;提供统一的文件读取与预处理能力:从各种原始格式文件中提取文本,返回标准化的中间产物(artifact),供下游 skill 进行各自的业务转换;

核心要点

  • 支持的输入格式;
  • txt / md;
  • 直接读取文本;

使用与执行

解析 JSON 结构;读取行列数据;通过 openpyxl 读取(可选依赖)。它将相关步骤、工具调用和结果整理方式集中到统一流程中,帮助使用者更快完成目标并减少重复操作。

结果检查与注意事项

从功能定位来看,该技能强调把分散的操作要求整理成清晰、可复用的处理流程,使用户能够围绕既定目标快速准备输入、选择执行方式并获得结构化结果。实际使用前应先确认任务范围、数据来源、运行环境、必要权限和关键参数,再依据技能说明逐步执行;若输入条件不完整,应先补齐信息或采用保守配置,避免因错误假设导致结果偏离需求。执行过程中需要关注工具调用是否成功、接口或依赖是否可用、输出格式是否符合预期,并对异常提示、缺失字段和边界情况进行处理;涉及批量任务时,还应保存进度,避免中断后重复操作。

医疗文档预处理公共库

概述

本 skill 不独立运行,作为共享工具库被其他 skill 导入。

提供统一的文件读取与预处理能力:从各种原始格式文件中提取文本,返回标准化的中间产物(artifact),供下游 skill 进行各自的业务转换。

支持的输入格式

格式 处理方式
txt / md 直接读取文本
json 解析 JSON 结构
csv 读取行列数据
xlsx 通过 openpyxl 读取(可选依赖)
xls 通过 LibreOffice 转换
docx 解析 word/document.xml
doc 通过 LibreOffice 转换
pdf pypdf / pdftotext 提取文本
png/jpg/jpeg/bmp/tif/tiff tesseract OCR 识别

输出的中间产物格式(artifact)

{"kind": "text",   "text": str}                        # 单段纯文本
{"kind": "pages",  "pages": List[str]}                 # 多页文本(pdf 多页)
{"kind": "json",   "data": Any}                        # JSON 原始数据
{"kind": "tables", "tables": List[{"name": str, "rows": List[List[str]]}]}  # 行列数据

如何在其他 skill 中使用

在目标 skill 的 scripts/run.py 开头添加:

from pathlib import Path
import sys

SKILLS_ROOT = Path(__file__).resolve().parents[2]
_preprocess_dir = SKILLS_ROOT / "_shared" / "doc-preprocess" / "scripts"
if str(_preprocess_dir) not in sys.path:
    sys.path.insert(0, str(_preprocess_dir))

from preprocess import (
    PreprocessError,
    SUPPORTED_FILE_TYPES,
    detect_input_type,
    normalize_header,
    load_input_artifact,
)

load_input_artifact 签名:

def load_input_artifact(
    path: Path,
    input_type: str,
    encoding: str = "utf-8",
    sheet_name: str = "",
    *,
    pdf_as_single_text: bool = False,
) -> Dict[str, Any]: ...
  • pdf_as_single_text=False(默认):PDF 返回 {"kind": "pages", "pages": [...]} —— 适合需要逐页处理的 skill(慢病/大病审核)
  • pdf_as_single_text=True:PDF 返回 {"kind": "text", "text": "..."} —— 适合把整份 PDF 当一段文本使用的 skill(复诊结构化/病历生成)

公开的工具函数

函数 说明
detect_input_type(path, explicit) 从文件后缀或显式参数推断输入类型
normalize_header(value) 去除空白/连字符,转小写,用于列名匹配
load_input_artifact(...) 主入口,返回 artifact dict
extract_pdf_pages(path) 提取 PDF 各页文本,返回 List[str]
extract_pdf_text(path) 提取 PDF 全文,返回 str
extract_image_text(path) tesseract OCR,返回 str

依赖

运行环境

  • Python 3.7+

Python 第三方包(可选,按输入格式需要)

包名 用途 必要条件
openpyxl 读取 .xlsx 输入为 xlsx 时必须
pypdf 提取 PDF 文本 输入为 pdf 时必须(或用 pdftotext 替代)

安装:pip install openpyxl pypdf

外部工具(可选)

工具 用途 必要条件
LibreOffice (soffice) 转换 .doc / .xls 输入为 doc/xls 时必须
pdftotext(poppler-utils) 提取 PDF 文本 未安装 pypdf 时作为备选
tesseract(含 chi_sim+eng) 图片 OCR 输入为图片时必须

安装(Ubuntu/Debian):sudo apt-get install libreoffice poppler-utils tesseract-ocr tesseract-ocr-chi-sim

仅使用 JSON / txt 输入时,无需安装任何第三方包或外部工具。

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