生物医学文献检索

在 PubMed 和 bioRxiv 中检索生物医学研究论文的标题与摘要。

适用场景

• 查找特定生物医学主题的研究论文
• 获取 bioRxiv 上近期发布的预印本论文
• 获取论文标题、摘要、作者列表及访问链接
• 支持药物发现或生物医学研究中的文献综述工作

工作流程

PubMed 检索（基于关键词）

import requests
import xml.etree.ElementTree as ET

# 步骤 1：检索 PMIDs
search_url = "https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi"
params = {"db": "pubmed", "term": "PD-1 inhibitor cancer", "retmax": 10, "retmode": "json"}
response = requests.get(search_url, params=params)
pmids = response.json()["esearchresult"]["idlist"]

# 步骤 2：获取论文详细信息
fetch_url = "https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi"
response = requests.get(fetch_url, params={"db": "pubmed", "id": ",".join(pmids), "rettype": "abstract", "retmode": "xml"})

bioRxiv 获取（基于日期范围）

import requests

# 按日期范围获取论文
url = "https://api.biorxiv.org/details/biorxiv/2026-02-01/2026-03-01"
response = requests.get(url)
papers = response.json()["collection"]

for paper in papers[:5]:
    print(f"Title: {paper['title']}")
    print(f"Abstract: {paper['abstract'][:200]}...")

预期输出结果

PubMed 检索结果

返回包含以下字段的论文列表：

bioRxiv 检索结果

返回包含以下字段的论文列表：

bioRxiv 学科分类筛选项

错误处理

API 参考文档

• PubMed E-utilities: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK25500/
• bioRxiv API: https://api.biorxiv.org/

注意事项

• PubMed：通过 NCBI E-utilities API 进行关键词检索
• bioRxiv：通过 bioRxiv API 按日期范围或学科分类获取论文
• bioRxiv 不支持直接的关键词检索
• 如需全面覆盖，建议同时使用两个数据源

完整可运行示例请参见 examples/basic_example.py。