부트스트랩 테스트란?

부트스트랩 테스트란?

부트스트랩 테스트는 대체 샘플링 통계 방법으로, 데이터 세트를 여러 번 반복적으로 샘플링하여 여러 진화 트리를 구성하여 확인합니다. 주어진 트리의 가지 신뢰도를 결정합니다.

부트스트래핑 소개

유전자 나무는 일련의 서열 간 진화 관계의 실제 패턴에 대한 추정치입니다. 유전자 나무가 추정치인 이유는 대체 횟수에 무작위적인 변화가 있기 때문입니다. 실제 유전자는 알 수 없습니다. 예상할 수 있듯이 유전자 나무에서는 짧은 가지가 긴 가지보다 신뢰성이 떨어집니다.

그러면 특정 가지 서열의 신뢰성을 평가하는 데 사용할 수 있는 기준은 무엇입니까? 17.1C, 그 데이터가 실제로 Hu/Ba/Co/Sh 혈통 이전의 공통 조상과 Mo/Ha 혈통을 분리할 수 있습니까?

유전자수에서 노드의 신뢰성을 평가하는 일반적인 방법을 It이라고 합니다. 부트스트래핑 방식은 실제 데이터에서 사이트를 무작위로 선택하여 1000개 이상의 서로 다른 데이터 세트를 구성하는 방식으로, 대체 샘플링을 통해 동일한 사이트를 두 번 이상 선택할 수 있습니다. 따라서 그림 17.1A의 시퀀스에서 나온 부트스트랩 샘플은 교체를 통해 무작위로 선택된 50개 사이트의 샘플입니다. 용량이 50인 특정 부트스트랩 샘플에서는 18개 사이트가 한 번 발생할 것으로 예상되고, 9개 사이트는 두 번 발생할 것으로 예상됩니다. 5개 사이트는 3회 이상 발생할 것으로 예상되며, 18개 사이트 루트

는 전혀 나타나지 않습니다. 따라서 유전자 나무의 특정 분기 패턴이 시퀀스의 대부분의 사이트에서 지원되면 유전자 나무를 얻습니다. 대부분의 부트스트랩 샘플에는 동일한 분기 패턴이 포함되지만 특정 분기 패턴을 지원하는 사이트 수가 상대적으로 적다면 많은 부트스트랩 샘플의 유전자 나무에는 이 분기 패턴이 포함되지 않습니다.

그림 17.1C의 유전자 나무에서. , 1000개의 부트스트랩 샘플 중에서 음영 처리된 영역에 포함된 분기 시퀀스는 샘플의 50% 미만에서 지원됩니다. 실제로 이 결과는 이 작은 단백질 세그먼트에 대해 Hu/Ba, Co/Sh, Mo/Ha 그룹은 매우 가까운 시기에 분리되었으며, 어떤 분류군이 먼저 분리되는지에 대한 문제는 아직 해결되지 않았습니다.

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