phpmyadmin ディレクトリのライブラリにある構成ファイル config.default.php を変更するだけです。
$cfg['Servers'][$i]['port'] = ''
このコメントは、ここで空の場合は、MySQL のデフォルトのポート 3306 が使用されることを意味します。これを次のように変更するだけです。
$cfg['Servers'][$i]['port'] = '3307';
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