おそらく、送信する前に C# 側で Base64 文字列を URL エンコードする必要があります。
そして、Base64 デコードする前に PHP 側で URL デコードする必要があります。
C# 側
byte[] encbuff = System.Text.Encoding .UTF8.GetBytes("文字列");
string enc = Convert.ToBase64String(encbuff);
string urlenc = Server.UrlEncode(enc);
およびphp Side:
$data = $_REQUEST['in '];
$decdata = urldecode($data);
$raw =base64_decode($decdata);