試してみたところ、暗号化されていないとそのままのphpファイルは利用できませんが、暗号化されていれば利用可能です。
また、PHP のインタラクションの判定にファイルが関与する場合にのみ問題が発生しますが、純粋な PHP mix であれば、PHP の操作が関与しない場合には問題は発生しません。
ゼンド、これは環境問題であるべきだと思います。
Bro. Zend Studio のウィンドウ設定 php で Zend Guard を試していただけますか
パスをクリアしてみてください