これの何が問題なのでしょうか?最初のデータベースしか消去できないようです。

このように書くと、最初のデータベースのみがクリーンアップできるように見えますが、
$today=date('Ymd');
$date=date("Ymd",strtotime($today."-) 3 日")) ;
$arr=array('baidudy','aamm1');
foreach($arr as $value){
mysql_select_db('$value');
mysql_query ("DELETE FROM `clicked` WHERE `date` < '$date'");
mysql_query("DELETE FROM `clickip` WHERE `date` < '$date'");
}

------解決策---------

PHP コード

foreach($arr as $value){
mysql_select_db("$value");
mysql_query("DELETE FROM `clicked` WHERE `date` < '$date'");
mysql_query("DELETE FROM `clickip` WHERE `date` < '$date'");
}
echo "ループが終了しました"; <div class="clear"></div>