(function($){...})(jQuery) means_jquery

これは実際には匿名関数です

function(arg){...}
これはパラメータ arg

を持つ匿名関数を定義しており、関数を呼び出すときは関数の後にあります。括弧と実際のパラメータを記述する場合、演算子の優先順位により、関数自体にも括弧が必要です。つまり、
(function(arg){...})(param)
これは、定義 arg をパラメータとして持つ匿名関数、この匿名関数を呼び出すパラメータとして param を使用します

と (function($){...})(jQuery) は同じです。その理由は$ は他のライブラリとの競合を避けるために仮パラメータ内でのみ使用されるため、実際のパラメータは jQuery
var fn = function($){....};
fn(jQuery); と同じです。