exec只返回最后一行输出，shell_exec返回全部输出；exec需用数组参数捕获全量结果，shell_exec直接返回完整字符串，二者均需加2>&1捕获错误，且必须用escapeshellarg()安全传参。
exec只返回最后一行，shell_exec返回全部输出
这是最直接、最常踩的坑。比如执行 ls -la /tmp，用 exec 你会只看到一个文件名（最后一行），前面权限、大小、时间全丢了；而 shell_exec 返回完整字符串，含所有换行和格式。
如果你需要解析 JSON、XML 或多行日志，别用 exec 直接赋值——它默认只给你最后一行。正确做法是：
-
exec('python3 script.py', $output, $code)：把全部行存进$output数组，$code拿退出码 -
$output = shell_exec('python3 script.py')：整段输出当字符串拿，适合json_decode($output)这类操作
调试失败时，2>&1 是必加项
两个函数默认都不捕获 stderr，命令出错（比如找不到 python3、权限拒绝、语法错误）时，exec 和 shell_exec 都可能静默返回空或 null，不报错也不提示。
必须显式合并错误流：
exec('python3 bad.py 2>&1', $output, $code)$output = shell_exec('python3 bad.py 2>&1')
这样 $output 才会包含类似 /usr/bin/python3: command not found 或 IndentationError 这类真实线索。
传参不逃逸=远程代码执行
用户输入拼进命令字符串，等于把 system() 的钥匙交出去。哪怕只是 $_GET['id']，也别写成：
exec("grep " . $_GET['id'] . " /var/log/app.log")
攻击者传 id=a; rm -rf / 就完了。必须逐个参数用 escapeshellarg() 包裹：
exec("grep " . escapeshellarg($_GET['id']) . " /var/log/app.log")
注意：escapeshellcmd() 是给整个命令逃逸的，不推荐用于参数拼接，它不处理内部空格和引号，容易绕过。
PHP 用户权限和路径问题比函数选型更致命
函数调用失败，90% 不是函数写错了，而是 PHP 进程（如 www-data）根本没权限跑那个命令。
排查顺序应该是：
- 用
which python3或command -v python3确认命令存在且在 PATH 中 - 手动切到 PHP 用户执行：
sudo -u www-data python3 --version - 脚本路径写绝对路径，避免依赖 shell 的 PATH 搜索
- 检查
disable_functions是否禁用了exec或shell_exec
尤其在容器或 cPanel 环境里，/usr/bin/python3 可能被软链接到不可执行位置，或 SELinux 限制了子进程创建——这些都比“该用哪个函数”优先级高得多。
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