卸载 atom 后需手动清理 ~/.atom/ 下 packages、storage、.apm、compile-cache 四个目录，因 gui 卸载仅删除主程序，残留配置、缓存、运行时状态会干扰重装或新配置。

卸载 Atom 本身不难，但“干净”取决于你是否关心插件、缓存、配置和运行时状态——这些残留项不会随主程序删除自动消失，且可能干扰重装或新用户配置。

apm uninstall 只删插件代码，不碰 config.cson 和 storage

执行 apm uninstall <package-name></package-name> 后，~/.atom/packages/<package-name></package-name> 文件夹会被移除，但以下三处仍保留关联痕迹：

• config.cson 中的 disabledPackages 或插件专属配置（如 atom-beautify 的 html 格式化选项）不会自动清除
• ~/.atom/storage/ 下可能存有该插件的 LevelDB 状态数据（比如上次打开的面板位置、编辑器折叠状态），哪怕插件已卸载
• 某些插件（如 linter-ui-default）会在 ~/.atom/storage/ 里写入二进制 session 数据，重启 Atom 后仍可能尝试加载失败

实操建议：卸载后手动打开 ~/.atom/config.cson，搜索插件名并删掉对应行；再运行 rm -rf ~/.atom/storage/*<plugin-name>*</plugin-name>（注意通配符匹配）。

彻底清理必须手动删掉 ~/.atom/ 下这四个目录

Atom 没有“一键清空所有用户数据”的功能，GUI 卸载或 Windows 控制面板删除只会干掉主程序，~/.atom/（macOS/Linux）或 %USERPROFILE%\.atom\（Windows）整个目录都得自己处理：

• ~/.atom/packages/：插件源码目录，apm uninstall 已删过一遍，但可能漏掉依赖包或手动放进去的 symlink
• ~/.atom/storage/：运行时状态数据库，损坏后会导致 Settings View 打不开、主题切换无效，必须整删
• ~/.atom/.apm/：APM 缓存（含 tarball 和 node_modules），不清理可能导致新装插件行为异常
• ~/.atom/compile-cache/：JS 编译缓存（.js + .map 成对生成），删一半会引发加载失败，必须整删

命令示例（Linux/macOS）：
rm -rf ~/.atom/packages ~/.atom/storage ~/.atom/.apm ~/.atom/compile-cache

Windows 用户别信“控制面板卸载就完事”

Windows 上通过控制面板或设置 → 应用 → 卸载 Atom，只删除了 Program Files\Atom 和开始菜单快捷方式，%USERPROFILE%\.atom\ 完全不动——它甚至不在注册表卸载项里记录。

• 金山毒霸等工具的“闪电卸载”本质是调用系统卸载入口 + 扫描注册表 + 删除常见路径，但对 .atom 这种纯用户目录无感知
• 如果你用的是便携版 Atom（解压即用），那根本没注册表项，控制面板里压根不会显示
• 真正保险的做法：关掉 Atom 进程 → 手动删 %USERPROFILE%\.atom\ → 清理 %LOCALAPPDATA%\atom\（旧版 Atom 曾用此路径存部分缓存）

最易被忽略的是 storage 目录的 LevelDB 格式——它不是 JSON，不能靠编辑修复；一旦写入中断，Atom 启动时会静默跳过整个 settings 加载流程。所以每次重装前，先删 storage，比反复调试 config.cson 有效得多。