子包需手动隔离依赖：执行 composer install --no-autoloader --no-scripts，配置独立 vendor-dir 和 psr-4 autoload，.gitignore 限制 vendor，ci 中清理并切换目录安装，测试时 require 自身 autoload.php。
子包（subtree 或嵌套包）不能靠 composer install 默认行为来管理依赖——它会直接往主项目 vendor/ 里装，导致命名空间冲突、自动加载错乱、CI 构建失败。必须手动切断 Composer 的向上查找链，并为子包建立物理与逻辑隔离。
子包目录下执行 composer install --no-autoloader --no-scripts
这是防止污染的第一道防线。默认情况下，子包执行 composer install 时，Composer 会从当前目录向上找最近的 composer.json（往往就是主项目的），然后把所有依赖都塞进主项目 vendor/。加这两个 flag 后：
-
--no-autoloader：跳过生成vendor/autoload.php，避免它尝试注册主项目的 autoloader 配置 -
--no-scripts：不运行post-install-cmd等钩子，防止脚本误操作主项目文件或缓存 - 你后续要手动处理 autoload（见下一条），但此时至少保证了
vendor/不被写错位置
子包 composer.json 中显式设置 "vendor-dir" 和 "autoload"
子包不是“项目”，而是被集成的模块，它的依赖路径和加载规则必须完全独立声明：
围绕关键发现、作用机制、临床相关性及研究局限性展开讨论。适用于撰写或优化任何生物医学论文的“讨论（Discussion）”部分——包括结果解读、与既往文献关联、阐释意外发现、界定研究局限性，以及撰写结论。当用户输入以下任一指令时也会自动触发该功能： - “write my discussion” - “help me discuss my findings” - “how do I compare to prior studies” - “write the limitations par
- 在子包根目录的
composer.json的"config"段加："vendor-dir": "lib/my-subtree/vendor"（路径需唯一，不能和主项目或其他子包重叠） -
"autoload"必须用"psr-4"显式绑定命名空间，例如："MySubtree\": "src/"；绝不能留空或依赖 Composer 自动发现 - 主项目的
composer.json中，"autoload"和"autoload-dev"里不能包含子包源码路径（如"lib/my-subtree/src"），否则dump-autoload会把它扫进主项目的自动加载映射
子包 vendor/ 必须被 Git 忽略且不随 subtree push 上游
Git subtree 推送时默认递归提交整个子目录内容。如果子包 vendor/ 在其目录内，又没被正确忽略，就会被推到上游仓库——这违反 vendor 不进 Git 的基本规则，还会让历史体积暴增。
- 在子包根目录（即
lib/my-subtree/）下放一个.gitignore，内容只有一行：/vendor（开头的/确保只匹配本级目录） - 运行
git add -f lib/my-subtree/.gitignore，确保该忽略文件被 Git 跟踪 - CI 流程中，在
subtree push前加一步：git clean -xffd lib/my-subtree/vendor，清掉可能残留的旧 vendor - 别在主项目根目录的
.gitignore里写lib/my-subtree/vendor——对 subtree 子目录无效
子包测试或 CLI 运行时如何加载自己的类？
子包自己的测试脚本（如 php tests/MyTest.php）报 Class not found，通常是因为它试图用主项目的 vendor/autoload.php，而那个文件根本不知道子包的命名空间。
- 子包内所有需要自动加载的脚本，应 require 自己
vendor/下生成的 autoload 文件：require 'lib/my-subtree/vendor/autoload.php'; - 或者更稳妥的做法：在子包根目录下写一个简易 bootstrap，先判断
vendor/autoload.php是否存在，再 require；不存在则 fallback 到主项目 autoload（仅用于开发联调，非发布逻辑） - CI 中跑子包测试前，务必
cd lib/my-subtree && composer install --no-autoloader --no-scripts，再执行测试命令
最关键的其实是路径隔离和命名空间隔离——vendor-dir 写错一级、psr-4 前缀和主项目撞了、或者忘了在子包目录下放 .gitignore，都会让整个机制失效。这些动作没法靠一次 composer update 自动完成，必须人工确认每处路径和配置。
