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如何提高大量的字符串比较速度

补充数据链接：

candidates: https://pan.baidu.com/s/1nvGWbrV
bg_db: https://pan.baidu.com/s/1sllFLAd

每个字符串长度都是23，只要前面20个字符就行，由于数据太大，我只传了五分之一，大神们可以挑战一下，有速度快的可以贴一下代码，让小弟拜读一下，谢谢！

下面是正式的问题：

我现在有两个字符串数组，姑且称为candidates和bg_db，全部都是长度为20的短字符串，并且每个字符串的每个字符只有ATCG四种可能（没错！就是基因组序列啦！）:

candidates = [
    'GGGAGCAGGCAAGGACTCTG',
    'GCTCGGGCTTGTCCACAGGA',
    '...',
    # 被你看出来啦，这些其实人类基因的片段
]

bg_db = [
    'CTGCTGACGGGTGACACCCA',
    'AGGAACTGGTGCTTGATGGC',
    '...',
    # 这个更多，有十亿左右
]

我的任务是对candidates的每一个candidate，找到bg_db中所有与其小于等于4个差异的记录，举个例子来说:

# 上面一条为candidate，即candidates的一个记录
# 中间|代表相同，*代表不相同
# 下面一条代表bg_db的一条记录

A T C G A T C G A T C G A T C G A T C G
| | | | | | | | | | | | | | | | | | | |    # 差异为0
A T C G A T C G A T C G A T C G A T C G

A T C G A T C G A T C G A T C G A T C G
* | | | | | | | | | | | | | | | | | | |    # 差异为1
T T C G A T C G A T C G A T C G A T C G

A T C G A T C G A T C G A T C G A T C G
* | | | * | | | | | | | | | | | | | | |    # 差异为2
T T C G T T C G A T C G A T C G A T C G

A T C G A T C G A T C G A T C G A T C G
* | | | * | | | | | | * | | | | | | | |    # 差异为3
T T C G T T C G A T C C A T C G A T C G

A T C G A T C G A T C G A T C G A T C G
* | | | * | | | | | | * | | | * | | | |    # 差异为4
T T C G T T C G A T C C A T C A A T C G

我的问题是如果快速地找到：每一个candidate在bg_db中与之差异小于等于4的所有记录,如果采用暴力遍历的话，以Python为例:

def align(candidate, record_from_bg_db):
    mismatches = 0
    for i in range(20):
        if candidate[i] != record_from_bg_db[i]:
            mismatches += 1
            if mismatches >= 4:
                return False
    return True

candidate = 'GGGAGCAGGCAAGGACTCTG'
record_from_bg_db = 'CTGCTGACGGGTGACACCCA'

align(candidate, record_from_bg_db) # 1.24微秒左右

# 总时间:

10000000 * 1000000000 * 1.24 / 1000 / 1000 / 60 / 60 / 24 / 365
# = 393
# 1千万个candidates，10亿条bg_db记录
# 耗时大约393年
# 完全无法忍受啊

我的想法是，bg_db是高度有序的字符串(长度固定，每个字符的可能只有四种)，有没有什么算法，可以让candidate快速比较完所有的bg_db，各位大神，求赐教。

高洛峰高洛峰2942 Tage vor874

Antworte allen(1)Ich werde antworten

  • 三叔

    三叔2016-10-27 09:29:44

    写一个思路

    candidates = [
    'GGGAGCAGGCAAGGACTCTG',
    'GCTCGGGCTTGTCCACAGGA',
    '...',
    # 被你看出来啦，这些其实人类基因的片段
]

bg_db = [
    'CTGCTGACGGGTGACACCCA',
    'AGGAACTGGTGCTTGATGGC',
    '...',
    # 这个更多，有十亿左右
]

    因为你的数据其实是很有特点的，这里可以进行精简。
    因为所有的字符串都是20个字符长度，且都由ATCG四个字符组成。那么可以把它们变换为整数来进行比较。
    二进制表现形式如下

    A  ==>  00
T  ==>  01
C  ==>  10
G  ==>  11

    因为一个字符串长度固定，每个字符可以由2个比特位表示，所以每个字符串可以表示为一个40位的整数。可以表示为32+8的形式，也可以直接使用64位整形。建议使用C语言来做。

    再来说说比较。
    因为要找到每一个candidate在bg_db中与之差异小于等于4的所有记录,所以只要两个整数一做^按位异或操作，结果中二进制中1不超过8个,且这不超过8个1最多只能分为4个组的才有可能是符合要求的（00^11=11,10^01=11）。
    把结果的40个比特位分作20个组，那么就是说最多只有4个组为b01 b10 b11这三个值，其余的全部为b00。
    那么比较算法就很好写了。
    可以对每个字节(四个组)获取其中有几个组是为三个非零值的，来简介获取整体的比较结果。
    因为每个字节只有256种可能的值，而符合条件的值只有3^4=81种，所以可以先将结果存储起来，然后进行获取。
    这里给出一个函数，来获取结果中有几个是非零组。

    /*****************下面table中值的生成******//**
  int i;
  for( i=0;i<256;++i){
    int t =0;
    t += (i&0x01 || i&0x02)?1:0;
    t += (i&0x04 || i&0x08)?1:0;
    t += (i&0x10 || i&0x20)?1:0;
    t += (i&0x40 || i&0x80)?1:0;
    printf("%d,",t);
    if(i%10 ==9){putchar('\n');}
  }
********************************************//

int table[] = {
0,1,1,1,1,2,2,2,1,2,
2,2,1,2,2,2,1,2,2,2,
2,3,3,3,2,3,3,3,2,3,
3,3,1,2,2,2,2,3,3,3,
2,3,3,3,2,3,3,3,1,2,
2,2,2,3,3,3,2,3,3,3,
2,3,3,3,1,2,2,2,2,3,
3,3,2,3,3,3,2,3,3,3,
2,3,3,3,3,4,4,4,3,4,
4,4,3,4,4,4,2,3,3,3,
3,4,4,4,3,4,4,4,3,4,
4,4,2,3,3,3,3,4,4,4,
3,4,4,4,3,4,4,4,1,2,
2,2,2,3,3,3,2,3,3,3,
2,3,3,3,2,3,3,3,3,4,
4,4,3,4,4,4,3,4,4,4,
2,3,3,3,3,4,4,4,3,4,
4,4,3,4,4,4,2,3,3,3,
3,4,4,4,3,4,4,4,3,4,
4,4,1,2,2,2,2,3,3,3,
2,3,3,3,2,3,3,3,2,3,
3,3,3,4,4,4,3,4,4,4,
3,4,4,4,2,3,3,3,3,4,
4,4,3,4,4,4,3,4,4,4,
2,3,3,3,3,4,4,4,3,4,
4,4,3,4,4,4
};

int getCount(uint64_t cmpresult)
{
    uint8_t* pb = &cmpresult;    // 这里假设是小段模式，且之前比较结果是存在低40位
    return table[pb[0]]+table[pb[1]]+table[pb[2]]+table[pb[3]]+table[pb[4]];
}


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