Was ist Bootstrap-Test?

Was ist der Bootstrap-Test?

Der Bootstrap-Test ist der Bootstrap-Methodentest, bei dem es sich um die Ersatzstichprobe handelt Statistische Methode: Durch wiederholtes Abtasten des Datensatzes werden mehrere Evolutionsbäume erstellt, um die Zweigglaubwürdigkeit eines bestimmten Baums zu überprüfen.

Einführung in das Bootstrapping

Ein Genbaum ist eine Schätzung des wahren Musters evolutionärer Beziehungen in einer Reihe von Sequenzen. Man sagt, ein Genbaum sei eine Schätzung weil Es gibt zufällige Variationen in der Anzahl der Substitutionen, daher ist der wahre Genbaum unbekannt. Es ist zu erwarten, dass im Genbaum kurze Zweige weniger zuverlässig sind als lange Zweige.

Welche Kriterien können also verwendet werden? Können diese Daten in Abbildung 17.1C tatsächlich die Mo/Ha-Linie von einem gemeinsamen Vorfahren trennen, der der Hu/Ba/Co/Sh-Linie vorausging? ?

Eine gängige Methode zur Bewertung der Zuverlässigkeit eines Knotens in einem Genbaum wird Bootstrapping genannt. Bei dieser Methode werden Standorte zufällig ausgewählt und aus tatsächlichen Daten von 1000 erstellt oder mehrere unterschiedliche Datensätze werden mit Ersatzstichproben durchgeführt, was bedeutet, dass derselbe Ort

zufällig zweimal ausgewählt werden kann. Daher ist eine Bootstrap-Probenahme aus der Sequenz in Abbildung 17.1A Stichprobe von 50 zufällig ausgewählten Websites mit Ersetzung. In einer spezifischen Bootstrap-Stichprobe mit einer Kapazität von 50 werden voraussichtlich 18 Websites einmal angezeigt, 9 Websites werden zweimal angezeigt, 5 Websites werden dreimal oder öfter angezeigt und 18 Websites

wird daher überhaupt nicht angezeigt, wenn im Genbaum eine bestimmte Verzweigungsmethode von den meisten Stellen in der Sequenz unterstützt wird, dann enthält der aus den meisten Bootstrap-Proben erhaltene Genbaum dieselbe Verzweigungsmethode, aber wenn die Anzahl der Wenn Websites, die eine bestimmte Verzweigungsmethode unterstützen, relativ klein sind, enthält der von vielen Bootstrap-Proben abgeleitete Genbaum dieses Verzweigungsmuster nicht.

Im Genbaum in Abbildung 17.1C von 1000 Bootstrap-Proben , weniger als 50 Proben unterstützen die im schattierten Bereich enthaltene Verzweigungsreihenfolge. Praktisch gesehen zeigt dieses Ergebnis, dass für dieses kleine Segment des Proteins die Taxa Hu/Ba, Co/Sh und Mo/Ha zu sehr getrennt sind enge Zeiten, und die Frage, welches Taxon sich zuerst trennte, kann nicht geklärt werden.

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